Di tích được phát hiện năm 1995, qua nhiều đợt khai quật càng phát lộ nhiều giá trị đáng quý. Còn rõ hình hài của thành quách, ao vua, hào luỹ, bãi tập... cùng nền tảng chùa tháp, đền đài, vật liệu kiến trúc, với cảnh quan núi sông bao bọc, ẩn hiện sinh thoát, hiểm yếu về địa thế quân sự, thâm sâu về vị thế kiến trúc tín ngưỡng. Viện khảo cổ Việt Nam đánh giá "là một quần thể di tích rất quan trọng, lưu giữ nhiều di vật khảo cổ học quý hiếm, thuộc nhiều thời kỳ lịch sử khác nhau, từ thời nguyên thuỷ đến thời kỳ lịch sử phong kiến tự chủ". Giáo sư Hà Văn Tấn đã khảo sát tại hiện trường, cho rằng "đây là tháp đất nung rất độc đáo có quy mô và kích thước to lớn, lần đầu tiên được tìm thấy ở vùng miền núi Việt Nam".
Điều lý thú là nhiều hiện vật khai quật ở đây có hình dạng và niên đại giống với những hiện vật kiến trúc đất nung được khai quật ở hoàng thành Thăng Long. Đó là các vật liệu kiến trúc gồm: gạch, ngói, đá chân cột, lá đề, sen, cúc...; tượng đất nung linh vật các loại: đầu rồng, phượng, uyên ương, lân, voi, garuda..., cùng đồ thờ, đồ gốm sứ, tiền đồng..., nhiều di vật mang phong cách vương triều. Những di tích và di vật đã được các nhà khoa học lịch sử nhận định: đây là một quần thể kiến trúc Phật giáo quy mô lớn, như một Trung tâm văn hóa Phật giáo thời bấy giờ. Đặc biệt tìm thấy 2 bài minh bằng chữ Hán, khắc vào tháp đất nung, đã cung cấp thông tin rất quý. Đó là Hoàng Lục Thiện ở Thượng Lâm Trường, sinh năm Mậu ngọ (1258 ...?) năm 45 tuổi đã cung tiến cho chùa Thượng Miện 40 toà tháp cửu phẩm liên hoa, loại bảo tháp biểu tượng của nhà Phật. Cây tháp đất nung lớn Hắc Y mang đậm ảnh hưởng của nghệ thuật thời Lý với những đường nét hoa văn mềm mại, tinh tế và độc đáo.
Tháp lớn chùa Hắc Y sau khi phục dựng
Di tích lịch sử - khảo cổ học Hắc Y cho thấy đạo Phật là Quốc đạo đã được triều đại Lý - Trần mở rộng. Theo nhiều nhà nghiên cứu lịch sử cho rằng vùng đất này có thể là đại bản doanh hoặc trang ấp của các thủ lĩnh được triều đình cử trấn giữ phía Bắc, khi xây dựng bản doanh đã dựng chùa để Phật tử là binh lính và gia tộc có nơi hành đạo. Điều này có thể liên quan đến vai trò của Chiêu Văn Vương Trần Nhật Duật (1255-1330), là bậc thân vương tôn quý, có tài đánh quân Nguyên, thu phục các thổ tù, biết nhiều ngôn ngữ các dân tộc, được dân miền núi nể phục, khi ông trấn giữ trại Thu Vật, dọc lưu vực sông Chảy.
Hàng năm, vào tháng Giêng nhân dân các dân tộc sinh tụ ở vùng này mở lễ hội Đại Cại, với các nghi thức tế lễ và ngợi ca công tích của những người khai mở đất đai đồng ruộng, hướng dẫn người dân gieo trồng, gây dựng quê hương, cùng với hội " lồng tồng" của cư dân Tày địa phương, lôi cuốn khách khắp nơi đến hành lễ.
Với thiên nhiên hào phóng, cảnh quan hữu tình, nếu địa phương đầu tư công sức và trí lực thích đáng, phục dựng lại một số kiến trúc tiêu biểu, hẳn quần thể di tích Hắc Y được ví như "hoàng thành" của Yên Bái sẽ trở thành điểm du lịch lý tưởng đối với miền sơn cước.
Ngọc Bái